Момчилградската духовна гимназия започна обучение с 30 ученици през 1991 г. със статут на 3-годишно професионално средно училище.

През 1993г. с решение на Министерството на образованието това обучение стана 4-годишно. Училището има право да обучава ученици завършили 8 клас, съгласно Закона за българската просвета от 1992г. и Заповед РД-14-72 за провеждане на обучение съгласно правилата, установени в Закона. Както всяко средно училище, СОДУ има право за издаване на официална диплома за средно образование с решение № 83 от 13.10.1992 г., издадено от министъра на образованието Н. Василев.